応用化学科は、低学年での両専攻に共通する専門教育（無機化学、有機化学、物理化学、分析化学、基礎化学実験、環境分析化学実験など）を連携して行っています。
２年次から応用化学専攻では、固体構造化学、バイオ環境化学専攻では、生物有機化学、生物無機化学などの３、４年に進級した際の基礎になる専門科目の講義を実施しています。
　２年次末に希望者の転専攻が認められており、入学してから勉学を重ね、進みたい分野が変わった場合、希望の専攻へ転専攻も可能です。
　３年次は、それぞれの専攻の講義、演習、学生実験など専門教育を実施。４年次はほぼ卒業研究に集中する。大学院希望者は成績上位者に限り推薦入学できる。大学院のページ参照。